有学者从制度上担心人为设计出来的、看似美好的碳交易体系是否能够应对复杂的经济局面。深度参与制度设计的北京大学深圳研究生院环境与能源学院教授马晓明告诉本报记者，由于当前的制度设计对企业实行浮动配额，可以避免出现像欧盟的情况，但将配额和单位工业增加值挂钩，未来也可能制造麻烦。
此外，根据记者对部分受控企业的访谈发现，原本就注重碳排放管理的企业，往往是行业内比较好的企业，而他们对于明年的履约大都不太担心。一家塑胶行业企业则对记者表示，在投资渠道有限，民间闲散资金充足的情况下，他们担心向投资者和散户开放市场会大幅炒高配额价格，大大加重企业负担。
然而，更令人担忧的是，相当多的企业在这一重大变化面前还在沉睡。中创碳投科技有限公司最近调研了120多家企业，结果显示，80%的企业当前面对碳市场的态度是“等”，而不是主动融入和参与到这个市场当中去。“我们虽然知道一个大的方向，但具体企业要做什么，我们感觉还是很茫然。”深圳一家典型电子制造业企业负责碳交易的黄小姐说。
此外，深圳排放权交易所方面认为，在试点阶段，深圳的配额仅能在深圳区域市场内流通，这不仅不利于单个市场的稳定发展，容易出现供应短缺或价格波动，而且人为割裂了碳排放权交易市场之间的内在联系。因此要尽快破解碳排放权商品化的局限性，早日建成全国统一的碳交易市场。
美国加州洲际交易所（ICE）集团大中国区董事总经理黄杰夫表示非常赞同这一想法。作为同行，黄杰夫认为深圳排放权交易所应该成为一个开放而国际化的平台。此外，他建议深圳应该尽快建立起碳排放权期货等相关衍生品市场，与现货市场相补充，更好地利用市场的价格发现功能。
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